Il y a différentes manières de contrôler les algues telles que les ultrasons, les additions bactériennes qui vont les concurrencer pour les aliments, bien que l'addition de certaines plantes aquatiques est la meilleure manière de contrôler le phytoplancton. On peut contrôler les algues filamenteuses en employant de la paille ou des additions bactériennes à l'eau. Le problème avec la paille est qu'elle se décompose partiellement, ajoute du désordre et peut obstruer les aspirateurs.
Dans de l'eau qui contient naturellement un niveau nutritif élevé, il n'est souvent pas possible de supprimer les algues, et on devrait essayer d'enlever des aliments de l'eau. Une consultation avec un spécialiste du domaine aquatique est recommandée.
En rajoutant l'eau qui s'est évaporée dans une piscine naturelle, on veillera à être particulièrement soigneux de ne pas ajouter trop d'eau en une seule fois pour éviter l'introduction d'aliment en excès. Si le niveau en nitrate est élevé, l'approvisionnement en eau devrait être testé. Des kits de test sont facilement disponibles.
Au début de l'été, quand l'eau commence à se réchauffer, particulièrement en surface, les algues peuvent prendre le dessus rapidement. Les plantes situées aux niveaux plus frais et plus profonds de la zone de régénération ne peuvent pas les concurrencer, particulièrement le zooplancton. Les faucheurs et les autres petites créatures aquatiques qui consomment des algues ne sont pas en activité à ce moment-là.
Les algues produisent de l'oxygène en journée et en consomment la nuit avec comme résultat que l'eau n'est pas équilibrée. Avec la température qui augmente, les créatures aquatiques se développent et commencent à manger les algues et l'eau devient claire.
Cependant, si le niveau des aliments diminue à tel point que plusieurs créatures meurent de faim, les aliments augmenteront et cela aura pour conséquence que l'eau deviendra de nouveau nuageuse. Il est donc essentiel de s'assurer que dans la piscine naturelle soit plantée des espèces correctes de plantes aquatiques. Celles-ci assureront l'équilibre par l'épuisement des aliments contenus dans l'eau.